• Hotspot del Dengue en R
  • Welcome
  • Prologo
  • Justificación
  • Software & Convenciones
  • Estructura de Manual
  • Agradecimientos
  • I Sección
  • 1 Introducción
  • 2 Objetivo
  • II Sección
  • 3 Hotspots
    • 3.1 Análisis de la Información epidemiológica y entomológica
    • 3.2 Hotspots de transmisión histórica
      • 3.2.1 Algoritmo para el cálculo de los Hotspots
      • 3.2.2 Referencias
  • 4 Hotspots en R
    • 4.1 Bajar las bases de datos del SINAVE.
      • 4.1.1 Escribir en el buscador de preferencia la página del sinave (https://www.sinave.gob.mx/).
      • 4.1.2 En la página del sinave buscar y darle click al boton Enfermedades Transmitidas por Vector.
      • 4.1.3 Ingresar el nombre del usurio y contraseña.
      • 4.1.4 Ingresar a la sección de Reportes.
      • 4.1.5 Darle click a Descarga de Datos Vectores
      • 4.1.6 Bajar la base de datos de la última fecha de la enfermedad de interés.
      • 4.1.7 Guardar la base en la carpeta de interes.
      • 4.1.8 Extraer el txt del archivo con extensión RAR.
    • 4.2 Geocodificación de la base de datos de Dengue.
      • 4.2.1 Subir la base de datos de Dengue a
      • 4.2.2 Subir el csv a y creamos el vector de direcciones
      • 4.2.3 Realizar la geocodificación
      • 4.2.4 Guardar la información en RData
    • 4.3 Bajar los shapefile del INEGI.
    • 4.4 Contar el número de casos por AGEB (agregación espacial).
      • 4.4.1 subir la base datos geocodificada.
      • 4.4.2 subir los AGEBs.
      • 4.4.3 Realizar la agregación espacial.
    • 4.5 Pasos 6-10. Cálcular el Z-score de los casos a Calcular los hotspots.
    • 4.6 Visualizar los hotspots.
  • III Sección
  • 5 Clusters de transmisión
    • 5.1 Identificación de clusters de transmisión
    • 5.2 Algoritmo para Space-Time análisis con SaTScan
  • 6 Clusters de Transmisión en R
    • 6.1 Identificación de los cluster de transmisión en R
    • 6.2 Generar los archivos cas y geo.
      • 6.2.1 Paso 1. Subir la base de datos geocodificada.
      • 6.2.2 Paso 2. Subir las funciones .
      • 6.2.3 Paso 3. Aplicar las funciones.
    • 6.3 Definir los parametros del input, análisis y resultado (output).
  • IV Sección
  • 7 Cadenas de Transmisión
    • 7.1 Space-Time con Knox test
    • 7.2 Algorítmo para realizar la prueba de knox
  • 8 Cadenas de Transmisión en R
    • 8.1 Identificación de cadenas de transmisión en R
    • 8.2 Knox test
      • 8.2.1 Visualización de las cadenas de Transmisión
  • V Sección
  • 9 Log Gaussian Cox Process Espacial
    • 9.1 LGCP espacial
    • 9.2 Algorítmo para realizar el LGCP espacial
  • 10 Log Gaussian Cox Process Espacial en R
    • 10.1 LGCP Espacial en R
  • Felipe Dzul-Manzanilla
  • Fabián Correa-Morales
  • Arturo Báez-Hernández
  • Guadalupe Díaz del Castillo Flores
  • Heron Huerta
  • Luis Hernández-Herrera
  • Evaristo Morales-Ríos
    • SESVER SESVER SESVER

Manual para la identificación de los hotspots en áreas úrbanas

Prologo