Base de Datos del Sinave

Source: vignettes/base_datos_sinave.Rmd

Las bases de datos de las enfermedades transmitidas por vector del Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica de la Secretaría de Salud, cuenta actualmente (2024) con 11 bases de datos (RICKETT, CHAGAS, FIEBRE_NILO, LEISHMAN, ENCEFALITIS, FIEBREMAYARO, FIEBREAMARILLA, PALUDISMO, ZIKA, CHIKUNGUNYA, & DENGUE). El uso de las bases es esclusivo al personal de la Secretaría de Salud (tanto estatales o como federales), especifícamente a personal de los departamentos de Epidemiología y ETVs. La resolución temporal y espacial de las bases son de manera diaria y a nivel de casa, respectivamente. Las bases pueden agregarse por colonia, localidad, muicipio y estado para elaborar tablas, gráficos y mapas.

Dentro del ETVerse y dengueverse, estas bases pueden ser cargada en R con las funciones read_dengue_dataset del paquete denhotspots, read_vbd del paquete boldenr y read del paquete densnv. Las tres funciones están en desarollo y paquete boldenr va ser retirado en el 2024, sin embargo puede este año (2024) ser utilizado. Las funciones read_vbd y read, ambas tienen los mismos argumentos, y hay que considerar que el paquete densnv esta sustituyendo al paquete boldenr, por lo que se recomienda usar las funciones read_dengue_dataset y la funcion read.

read

La función read del densnv tiene tres argumentos, path, vbd, & complete.

argumentos valor definición
path string Es la ruta de la carpeta donde esta alojado el archivo txt
vbd string Define la ETVS de interes. Hay 11 opciones (RICKETT, CHAGAS, FIEBRE_NILO, LEISHMAN, ENCEFALITIS, FIEBREMAYARO, FIEBREAMARILLA, PALUDISMO, ZIKA, CHIKUNGUNYA, & DENGUE)
complete logical Es un valor lógico para definir si sube varias bases de datos de la misma ETV de diferentes años o diferentes ETVs del mismo año, o diferentes ETVs de diferentes años, de lo contrario solo sube una ETV completa 
densnv::read(path = "/Users/fdzul/Library/CloudStorage/OneDrive-Personal/datasets/DGE/denv/2024/",
             vbd = "DENGUE", 
             complete = TRUE) |>
  dim()
#> [1] 5182  420
densnv::read(path = "/Users/fdzul/Library/CloudStorage/OneDrive-Personal/datasets/DGE/denv/2024/",
             vbd = "DENGUE", 
             complete = FALSE) |>
  dim()
#> [1] 5182   28
densnv::read(path = "/Users/fdzul/Library/CloudStorage/OneDrive-Personal/datasets/DGE/denv/2024/",
                  vbd = "DENGUE", 
                  complete = FALSE) |>
skimr::skim()
Data summary
Name densnv::read(…)
Number of rows 5182
Number of columns 28
Key NULL
_______________________
Column type frequency:
character 13
Date 2
numeric 13
________________________
Group variables None

Variable type: character

skim_variable n_missing complete_rate min max empty n_unique whitespace
FOL_ID 0 1 12 15 0 5067 0
DES_CAL 0 1 5 12 0 23 0
IDE_CAL 0 1 1 98 0 3342 0
NUM_EXT 0 1 0 4 680 942 0
NUM_INT 0 1 0 4 3488 241 0
IDE_COL 0 1 10 60 0 2351 0
DES_LOC_RES 0 1 3 51 0 985 0
DES_MPO_RES 0 1 3 35 0 476 0
DES_JUR_RES 0 1 4 27 0 167 0
DES_EDO_RES 0 1 6 19 0 32 0
DES_DIAG_PROBABLE 0 1 12 27 0 3 0
DES_DIAG_FINAL 0 1 0 27 4083 5 0
DES_INS_UNIDAD 0 1 3 22 0 9 0

Variable type: Date

skim_variable n_missing complete_rate min max median n_unique
FEC_INI_SIGNOS_SINT 0 1.00 2024-01-01 2024-01-30 2024-01-05 14
FEC_INGRESO 4083 0.21 2023-01-08 2024-03-02 2024-01-08 17

Variable type: numeric

skim_variable n_missing complete_rate mean sd p0 p25 p50 p75 p100 hist
VEC_ID 0 1.00 1304129.95 1909.24 1299508 1302625 1304234 1305780 1307210 ▂▆▇▇▇
IDE_EDA_ANO 0 1.00 26.72 17.08 0 13 24 38 90 ▇▇▃▂▁
IDE_SEX 0 1.00 1.51 0.50 1 1 2 2 2 ▇▁▁▁▇
IDE_CP 9 1.00 58516.47 24422.13 1080 39562 60985 80197 99000 ▁▇▂▅▅
CVE_LOC_RES 0 1.00 34.10 210.95 1 1 1 1 9001 ▇▁▁▁▁
CVE_MPO_RES 0 1.00 32.64 64.58 1 2 7 38 570 ▇▁▁▁▁
CVE_EDO_RES 0 1.00 17.30 8.35 1 12 16 25 32 ▅▇▃▅▆
ESTATUS_CASO 0 1.00 1.32 0.65 1 1 1 1 3 ▇▁▁▁▁
CVE_DIAG_PROBABLE 0 1.00 1.26 0.48 1 1 1 1 3 ▇▁▂▁▁
ANO 0 1.00 2024.00 0.00 2024 2024 2024 2024 2024 ▁▁▇▁▁
SEM 0 1.00 1.37 0.48 1 1 1 2 5 ▇▅▁▁▁
MANEJO 0 1.00 1.78 0.41 1 2 2 2 2 ▂▁▁▁▇
DENGUE_SER_TRIPLEX 4012 0.23 0.44 1.14 0 0 0 0 9 ▇▁▁▁▁

read_dengue_dataset

La función read_dengue_dataset del denhotspots tiene tres argumentos, path, spatial_resolution, & status_caso.

argumentos valor definición
path string Es la ruta de la carpeta donde esta alojado el archivo txt
spatial_resolution string Es la resolución espacial o el nivel administrativo. Las opciones son country, state & municipality
status_caso integer Es la condición de casos, y tiene tres opciones: 1 probable, 2 confirmado y descartado 
x <- denhotspots::read_dengue_dataset(path = "/Users/fdzul/Library/CloudStorage/OneDrive-Personal/datasets/DGE/denv/2024/DENGUE2_.txt",
                                      spatial_resolution = "country",
                                      status_caso = c(1,2, 3))
dim(x)
#> [1] 5182   28
table(x$ESTATUS_CASO)
#> 
#>    1    2    3 
#> 4083  557  542
table(x$DES_EDO_RES, x$ESTATUS_CASO) |>
  kableExtra::kable()
1 2 3
AGUASCALIENTES 2 0 2
BAJA CALIFORNIA 6 0 1
BAJA CALIFORNIA SUR 75 17 13
CAMPECHE 209 19 21
CHIAPAS 127 25 29
CHIHUAHUA 2 0 0
COAHUILA 1 0 0
COLIMA 207 41 33
DISTRITO FEDERAL 16 15 7
DURANGO 1 0 3
GUANAJUATO 16 1 4
GUERRERO 1284 142 71
HIDALGO 1 0 2
JALISCO 52 8 35
MEXICO 38 5 7
MICHOACAN 58 19 17
MORELOS 252 11 7
NAYARIT 44 5 1
NUEVO LEON 7 1 6
OAXACA 186 5 2
PUEBLA 29 8 15
QUERETARO 7 2 1
QUINTANA ROO 571 20 42
SAN LUIS POTOSI 10 1 12
SINALOA 40 8 5
SONORA 4 0 0
TABASCO 341 151 147
TAMAULIPAS 19 6 5
TLAXCALA 1 1 1
VERACRUZ 310 16 30
YUCATAN 167 29 23
ZACATECAS 0 1 0 
denhotspots::read_dengue_dataset(path = "/Users/fdzul/Library/CloudStorage/OneDrive-Personal/datasets/DGE/denv/2024/DENGUE2_.txt",
                                      spatial_resolution = "state",
                                      des_edo_res = "YUCATAN",
                                      status_caso = c(2)) |>
  dplyr::group_by(DES_MPO_RES) |>
  dplyr::summarise(n = dplyr::n()) |>
  gt::gt() |>
  gt::opt_row_striping()
DES_MPO_RES n
ACANCEH 2
CELESTUN 1
CHICHIMILA 1
HOCABA 1
HUHI 2
HUNUCMA 1
KANASIN 1
MERIDA 16
MOTUL 1
PROGRESO YUC 1
TIXKOKOB 1
UMAN 1 
denhotspots::read_dengue_dataset(path = "/Users/fdzul/Library/CloudStorage/OneDrive-Personal/datasets/DGE/denv/2024/DENGUE2_.txt",
                                 spatial_resolution = "municipality",
                                 des_edo_res = "GUERRERO",
                                 des_mpo_res = "ACAPULCO DE JUAREZ",
                                 status_caso = c(2)) |>
    dplyr::group_by(DES_LOC_RES) |>
    dplyr::summarise(n = dplyr::n()) |>
    gt::gt() |>
    gt::opt_row_striping()
DES_LOC_RES n
ACAPULCO 2000 1
ACAPULCO DE JUÁREZ 116
EL CANTÓN 1